上一部开头，尼奥（基奴李维斯 饰）终于看法到自己的才干和使命，中弹复生后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，遭到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决议先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻觅“制钥者”，预备从外部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点效...

故事背景设定在至高共和国时代末期，一个充溢“阴暗秘密与新兴黑暗权利”的世界。受人尊崇的绝地巨匠Sol（李政宰 饰）同昔日前绝地徒弟Mae（阿曼德拉·斯坦伯格 饰）深化调查绝地武士接连被杀害的真相，他们要面对的权利比预想中愈加险峻，更不知不觉间走入黑暗漩涡之中……...