1999年，由于数码世界资料异常增生，招致数码世界和事实世界的衔接发作紊乱。地球上相应地出现奇异的自然现象：西北亚没有下雨，池塘全部干枯；中东却由于连场大雨发作洪水；美国则遇到有史以来最冰冷的冬天。　　11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和同伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛...

在太逐一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此封锁朝向人类的大门，而数码世界的外部却没有太平多少时日，就又末尾了纷争。　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的战争。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精神和时间可以和数码宝贝们一同并肩作战，只要阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音...