五年的追逐化为乌有，随着X档案的封锁，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）自愿调任处置一些往常的案件。某天，美国得州达拉斯市发作一同爆炸案。虽然穆德和斯科莉竭力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是攫取了4名无辜者的性命，他们也因此遭到下级的指摘。但是预先不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个奥秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门听说多年来不时从事外星人的研讨，并且他们的研讨足以招致人类的消灭。两名伙伴决议彻查此事，但是奥秘且难以顺从的力气无时无刻不在阻遏他们跟随真相的脚步…… 本片为同名美剧的第一部剧场版。