公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高随同着立功活动的高科技化，于是，专门对立高科技立功的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，率领公安9课不时展开举动。 是次，公安9课协助公安6课秘密处置了一位顺序员外逃他国的费事琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的立功事情。当举动堕入僵局之际，傀儡师居然不速之客，出如今公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场触及政府的阴谋之中。 本作依据1995年动画电影《GHOST IN THE SHELL》改编，系剧情不变、画面完全重制的作品。