来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在庞大的防护壁之后，他们诈骗在东京生活的人们他们曾经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织气势渐渐壮大。某日，在同MU剧烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的伟大少年不测的离开了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。　　在奥秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的率...

电影讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要消灭地球的不明生物杀教员，担任全校最不被看好的班级3年E班的导师，与先生之间发作的故事。杀教员虽然是个有马赫级神速移动才干、以及奇异触手的生物，却为先生竭尽心力、赴汤蹈火。使得原本弥漫诡异气氛的课堂，却成为3年E班终生难忘的回想。而3年E班的同窗们与杀教员以羁绊和真诚互动所守护的商定，也陪伴着他们到了7年后的未来。...