人类希图修正植物的遗传因子，以此到达控制植物的目的，而方案失败，树木则渐渐发生了思想，末尾了无节制的生长，使得地球遭到了消灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生活选择了和森林战争相处。直至一天，阿基德（胜地凉 配音）与好友凯因（滨口优 配音）偷偷溜进了忌讳之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着光芒的东西，以及觉醒在其中的少女图拉（宫崎葵 配音），阿基德唤醒了觉醒的图拉，交谈中...

德川幕府时期，刽子手拜一刀（田村正和 饰）深得主公信任，然以柳生备前（橋爪功 饰）为首的柳生一族觊觎大权，因此视武功高强的水欧派剑客拜一刀如大敌。在正式比武前夕，备前设计陷害拜一刀，并杀害了他的妻子蓟（古手川祐子 饰），致令拜一刀挥刀而起，斩杀前来拘捕他的官差。在此之后，他与有着“暗里柳生”之称的柳生烈堂（仲代达矢 饰）相约决斗，最终取胜，于是获准带着儿子大五郎分开江户。从此，拜一刀化身为独行江湖...