21世纪初，人类将少数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往可以移居的“商定之地·τ星e”。但这一方案失败，人类只得再度前往地球。而长距离亚空间飞行所引发的时空歪曲，招致人类回到的中央变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，经过殊死战役成功击倒了...