本作是为了纪念在1996年起末尾的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。　　在跨越有数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”停止最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。　　在阅历一段时间后，游戏等人重新回归伟大的生活。但是，一名自称蓝神的奥秘少年却出如今他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消逝的中央开掘“千年积木”并计划将其重新完成，试图再度复生暗游...