一艘庞大的外星无人探测器向地球航来，它不时地收回奇特的电波信号：功率弱小的信号煮沸了海水，搅扰了左近的星舰并形成了普遍的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复生的义务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，虽然他们曾经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控偷盗了联邦星舰进取号，并对她的破坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器...