第六季中，故事一直以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每团体都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的衔接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回想”起在岛上那段其实他们并没有阅历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一同，相爱，幸福地生活在一同。而在岛上，他们早就因种种缘由失掉了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼...

大家继续探求孤岛的秘密，寻觅脱身方法，没想到的是，岛上居然存在组织严密、早就在此生活的“其他人”。“其他人”将杰克（马修·福克斯 Matthew Fox 饰）、凯特（伊万杰琳·莉莉 Nicole Evangeline Lilly 饰）、索亚（詹姆斯·福特 James F  ord 饰）抓进了监狱， 他们设法逃脱，协助杰克逃脱的是“其他人”中一个叫朱丽叶特的女人（伊丽莎白·米切尔 Elizabeth...