故事是发作在Milo与Kida留在亚特兰提斯之後的事情。几艘货船途经亚特兰提斯南方的海面遭受攻击，於是Milo  、Kida跟随来访的探险小组一同展开调查，却发现攻击者并不是机器龙虾，而是其他奥秘的力气。渡过这次危机之後，Kida  为了找出魔幻水晶最适宜的布置方式，便和  Milo  与探险队员踏上旅程，她要查出为何现在她父亲要把水晶隐藏起来，害他们的文明差点消灭。他们也要做出决议，究竟该把魔幻...