延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能分开马达加斯加岛回到五颜六色的纽约，对一架破旧的失事飞机停止维修正造，并成功下降。当大家曾经末尾庆贺终于可以回到纽约时，飞机却不测下降，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的植物们显得水乳交融。这群昔日纽约中央公园的植物明星们，在这野外困难的环境中应该怎样办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但由于习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们树立良好的关系，大家都是发扬各种招式，笑料百出。