草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为伙伴。近期发作多起机器人偶杀害主人继而自杀的事情，由于受益者家眷均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒芜地带公司出品的哈德莉机型，应局部顾客要求，该机型同时具有异性玩伴的功用，巴特从荒芜地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战役，时期有人入侵他的大脑，使其自残。　　巴特决议直奔荒芜地带总部，他与陀古萨访问了择捉岛上...

分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，运用各自的手腕尝试着兄弟再会。　　哥哥爱德华穿过“门”离开真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战行将到来。无法在这个世界运用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一同研讨火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，装扮宛若曾经的爱德华，与国度炼金术士们一同寻觅找回哥哥的方法。　　而暗地中，慕尼黑的一个奥秘组织...

立志成为一名考古学者的小狼和古楼国的公主－樱从小两小无猜。两人虽然互有爱意，但是谁都没有勇气启齿。一天夜晚，樱落入了由于为了取得樱所拥有的改动世界的力气而设计陷害他的飞王的阴谋，而失掉了全部的记忆。变成羽毛的记忆也飞到了各个时空中。为了挽救樱，小狼末尾了通向异次元的行程...　　在次元魔女郁子的摩可拿的引导下,,小狼和小樱离开了鸟笼国 那里的人们和鸟类为伴战争共处......　　可是由于国王的暴政...