分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，运用各自的手腕尝试着兄弟再会。　　哥哥爱德华穿过“门”离开真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战行将到来。无法在这个世界运用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一同研讨火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，装扮宛若曾经的爱德华，与国度炼金术士们一同寻觅找回哥哥的方法。　　而暗地中，慕尼黑的一个奥秘组织...