某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群奥秘人物绑架，醒来之后发现身处一间奥秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在维护关于日原本说十分珍贵的温泉。但是，横空出生的污垢达人博士（家弓家正 配音）希图应用“地球温泉方案”将温泉G组彻底击垮。　　独一可以阻止污垢达人博士的阴谋的，就只要仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正益处于小新...

某日，双叶干练园的孩子们正在船屋里愉快的游玩，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的奥秘人物突然现身，紧接着，一艘庞大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一同消逝在了空中。　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分着急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的女子出如今了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事...

一天毛利小五郎收到一张请帖，外面是谜样女子的委托，需求前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地抵达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名奥秘女子的圈套。一切带上手表的人不得分开游乐场，否则便会发作爆炸。从如今末尾到早晨十点，柯南和小五郎假设不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园肝脑涂地。但是更意想不到的是，那名女子居然直接称谓柯南为工藤新一。...