小新在河边有意间捡到一颗弹珠，看它很闪亮于是就捡回家里。没想到却被小葵吞进肚子里。这下糟了，原来这颗弹珠是珠由良族与珠黄泉族在争夺的魔人贾克的珠珠，珠黄泉族的首领玉王想要应用贾克的魔力降服世界。就这样，小新一家人卷入两族人的争夺战中，小葵被玉王绑架走了，大家为了维护小葵，费尽心力…最后平安的救出小葵，小新却在有意间，将两颗珠珠放进封印贾克的人俑里，魔人贾克被释放出来了.........

某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群奥秘人物绑架，醒来之后发现身处一间奥秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在维护关于日原本说十分珍贵的温泉。但是，横空出生的污垢达人博士（家弓家正 配音）希图应用“地球温泉方案”将温泉G组彻底击垮。　　独一可以阻止污垢达人博士的阴谋的，就只要仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正益处于小新...

某日，双叶干练园的孩子们正在船屋里愉快的游玩，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的奥秘人物突然现身，紧接着，一艘庞大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一同消逝在了空中。　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分着急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的女子出如今了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事...