第四次忍界大战完毕的两年后，此时此刻的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）早已成为盖世英雄普通的人物，无论他走到哪里都遭到女孩子和小冤家的喜欢与追捧，他似乎也有其享用这样喧嚣欢闹的气氛。与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈 配音）则一直站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火（浅井清己 配音）遭到不明身...

故事发作在日本的江户时代，一名奥秘的女子出如今了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻觅主人的下落。同时，银时（杉田智和）也遭到委托，寻觅四处作恶的红樱的下落。三人的线索会聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶权利一手遮天...

某日，一群运用风遁之术的空忍空袭火之国，有数民众和忍者遇害，情势危殆。据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦 配音）等人则担任侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、雏田（水樹奈々 配音）授命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家乡治疗伤者。另一方面，不可救药的大蛇丸得知神...

为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子 配音）命令大和（小山力也 配音）率领小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、佐井（日野聪 配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有包括庞大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。而百足的目的则是解开封印，释放恐惧的力气。经过千钧一发的格斗，鸣人变成孤身一人，他不测离开一座繁华的丧失城市，在此遭到了傀儡部队的袭击，并失掉奥秘木叶忍者的救助。之...