阅历了屡次战争的人类，将少量科技封印。主人与超才干少女——乙HiME的契约形式，成为了各国维护自己的独一选择。　　梦想成为乙HiME的少女西弗露•弗兰在列车上被绑架了。黑夜女子布鲁斯•瓦尔斯与仆人莱娜•尤奈妮亚将少女从恐惧分子手中救下。挽救义务的成功，全拜乙HiME的参与所赐。但是，这片刻的战争没有维持多久。恐惧分子组织着下一次绑架举动，乙HiME的学校——加尔德罗贝学院亦在窥探西弗露的一举一动。...

第四次忍界大战完毕的两年后，此时此刻的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）早已成为盖世英雄普通的人物，无论他走到哪里都遭到女孩子和小冤家的喜欢与追捧，他似乎也有其享用这样喧嚣欢闹的气氛。与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈 配音）则一直站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火（浅井清己 配音）遭到不明身...

随着“天堂之门”的出现，美丽的星空被掩盖，取而代之的是用来监视“契约者”举动的虚伪星空。“契约者”是接触了“天堂之门”里的物质后，取得超才干的人。作为被选中的人群，他们冷漠、无情，让人充溢畏惧与疑惑。各种奥秘组织为了自身利益，应用契约者的超才干展开混战。　　原本不是契约者的黑，为了妹妹白，不得不违犯自己的意志参与战役，并与契约者琥珀相爱。可是他渐渐发现琥珀背叛了组织，也背叛了自己；在奥秘事情后妹妹...