先人类和普通人类的人种战争曾经到了白热化的阶段，野野村组长逝世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残酷屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言...

所谓“炼金术”，即经过不同组合发生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为奥秘研讨之一，种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体（怪物）Chemy”，作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体，Chemy为模拟蚱蜢、SL（蒸汽火车）等世上存在的万物所制造。　　但是，本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出...

突然，遭到从时空门出现的朋友袭击的宝太郎及其同伴们。自愿堕入苦战之中，发觉到朋友从未来传送过去…！为了守护如今与未来，宝太郎与凛音穿越时绝后往旷费的未来。在那里的是昔日从困境中挽救宝太郎等人，掌握着故事的关键，“20年后的宝太郎”，假面骑士歌查德黎明骑士的身姿。...