时间离开最终决战的两年后，在本应已迎来战争的地球上，怪兽们再度倾巢而出。　　与此同时，世界各地相继发作了各种入侵超现代遗址的事情。而GUTS-SELECT（精英成功队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一 饰），众人开启了调查。　　一场关乎宇宙出路命运的鏖战就此拉开序幕。　　自告奋勇的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战役中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身分发着不祥之气的影...

所谓“炼金术”，即经过不同组合发生“金”的技术。人工孕育“生物”的尝试亦作为奥秘研讨之一，种种实验将在不为人知的现代为舞台展开故事。本故事的关键在于纠合了炼金术中最高技术的产物“人工生命体（怪物）Chemy”，作为被保管在名为“Ride Chemy Card”的卡牌之中的101个生命体，Chemy为模拟蚱蜢、SL（蒸汽火车）等世上存在的万物所制造。　　但是，本应被慎重保管着的它们却突然从卡牌中冒出...